Коллекция фотонегативного фонда насчитывает около 220 000 предметов.
Это фотографии, негативы, фотоальбомы и фотооткрытки, начиная с середины XIX века и до наших дней. В фонде хранится значительное количество негативов, запечатлевших события Русско-японской войны 1904-1905 годов. Уникальны альбомы фотографий интерьеров императорских яхт, экспозиций Морского музея в здании Главного Адмиралтейства. Представляют большой интерес альбомы фотографий, посвященные судостроительным заводам. Огромное количество фотоматериалов отражает участие флота в Великой Отечественной войне 1941-1945 годов.
В собрание фонда входят фотооткрытки, отображающие практически все корабли и суда Российского императорского флота, празднование 200-летия Санкт-Петербурга.
Обширно собрание фотопортретов флотских деятелей. В фонде хранится также множество цветных слайдов с изображениями музейных предметов.
Большую ценность представляет единственный хранящийся в музее дагерротип.
