Рукописно-документальный фонд был образован как самостоятельное подразделение отдела фондов в 1948 году. Здесь хранятся памятники на бумажной основе, отражающие историю Военно-Морского Флота России от его создания до наших дней. Через коллекции прослеживаются все периоды истории Российского государства. В фонде хранятся бесценные подлинники — свидетельства жизни и службы моряков XVIII–XXI вв.
