В Центральном военно-морском музее регулярно проводятся научно-практические конференции, военно-исторические чтения, круглые столы. За последние годы были организованы и проведены:
- военно-исторические чтения, посвященные 200-летию со дня рождения адмирала П. С. Нахимова (5 июля 2002 г.),
- конференция, посвященная 150-летию со дня рождения адмирала И. К. Григоровича (14 февраля 2003 г.),
- конференция «150 лет Синопскому сражению» (1 декабря 2003 г.),
- международная конференция «100-летие Портсмутского мирного договора» (18–20 марта 2004 г.),
- международная конференция «Петровская эпоха в истории российского кораблестроения и традиции морского образования» (14–15 января 2009 г.),
- круглый стол на тему «Морское сражение у мыса Гангут — славная страница истории русского флота» (10 августа 2009 г.),
- круглый стол «Роль ВМФ СССР в стратегических наступательных операциях 1944 года» (7 мая 2014 г.).
Традиционным стало проведение в мае конференций научно-практической программы «Море и флот» (с ежегодно меняющейся тематикой), которые являются единственными в России объединяющими ведущих специалистов в этой области.
Состоялась международная научно-практическая конференция «Военно-Морской Флот в Великой Отечественной войне. К 70-летию Великой Победы» (22 апреля 2015 г.).
Двухлетний цикл, посвященный крейсеру «Аврора», открыла научно-практическая конференция «Крейсер «Аврора» в истории Отечества. 1897–1916 гг.» (21 апреля 2016 г.) и продолжила конференция «Крейсер «Аврора» в истории Отечества. 1917–2017 гг.» (19 апреля 2017 г.).
19 апреля 2018 г. состоялась научно-практическая конференция «Рожденный революцией. К 100-летию Красного флота», а 15 ноября 2018 г. конференция «Созданный волей Петра Великого. К 310-летию Центрального военно-морского музея».
25 апреля 2019 г. в ЦВММ прошла конференция «РККФ в отражении иностранной военной интервенции. 1918-1920. К 100-летию Гражданской войны в России».
В 2020 г. конференция была посвящена 75-летию Великой Победы («Курсом к Победе.Военно-Морской Флот СССР в Великой Отечественной войне. 1941–1945 годы»). Из-за пандемии коронавируса конференцию подготовили и провели в формате онлайн-трансляции.
15 апреля 2021 г. состоялась научно-практическая конференция «От Нарвы до Ништадта. К 300-летию победоносного для России окончания Северной войны».
По инициативе Главного военно-политического управления Вооруженных Сил Российской Федерации Центральный военно-морской музей имени императора Петра Великого 18 ноября 2021 года провел научно-практическую онлайн-конференцию «Российский флот в Отечественной войне 1812 года и Заграничных походах Русской Армии 1813-1814 годов: новые открытия и оценки».
По материалам прошедших конференций программы «Море и флот» изданы сборники их материалов, с которыми можно ознакомится в разделе «Издания»/«Материалы конференций» данного сайта.