Ассоциация военно-морских музеев была создана в 2014 году. 
У истоков создания организации были два музея:

Центральный военно-морской музей Министерства обороны РФ

Музей истории подводных сил России имени А.И.Маринеско


Штаб-квартира Ассоциации располагается по адресу:

Санкт-Петербург, ул. Большая Морская, д. 69A / пл. Труда, д. 5, 
Центральный военно-морской музей имени императора Петра Великого


В декабре 2015 года принята и утверждена символика – Герб и Флаг Ассоциации


В феврале 2022 года было зарегистрировано новое название
Ассоциация военно-морских музеев и хранителей морских традиций

Осенью 2024 года Ассоциация военно-морских музеев и хранителей морских традиций 
принята коллективным членом в Союз музеев России